Christians Kirke blev opført i årene 1754-59 efter tegninger af Nicolai Eigtved, som førte rokokostilen til Danmark og blandt mange andre betydningsfulde bygningsværker stod bag Amalienborgs fire palæer.
Kirken hed oprindeligt Frederiks Tyske Kirke, opkaldt efter Frederik V (1746-1766), og tjente i mange år den tysktalende menighed i København, som ønskede sig deres egen kirke i den driftige bydel.
Efter statskuppet i januar 1772, hvor Christian VII’s preussiskfødte livlæge og rådgiver Struensee blev afsat og henrettet, indførtes Forordningen om Indfødsretten i 1776. Loven fastslog, at alle embedsstillinger i landet skulle besættes af medlemmer født inden for det danske monarki – og kombineret med en stigende utilfredshed med tysk påvirkning af Danmark betød loven, at den tysktalende del af befolkningen mistede velvilje og indflydelse. Det kunne mærkes i Frederiks Tyske Kirke, hvis position i de kommende årtier faldt til et lavpunkt i menighedens historie.
Nye tider
Fra 1832-39 holdt salmedigteren og præsten N.F.S. Grundtvig aftensang i kirken, hvilket var med til at generere en indtægt, kirken havde hårdt brug for. Menigheden svandt dog stadig ind, og økonomien stod ikke til at redde - og i 1886 blev kirken nedlagt.
I 1901 blev Christians Kirke taget i brug som almindelig dansk folkekirke – og det var her, kirken fik sit nuværende navn, opkaldt efter Christianshavns grundlægger, Christian IV.
Med omlæggelsen til folkekirke skulle Christians Kirke også have en sognegård. Valget faldt på Stanley’s Gaard, som blev købt af Christians Kirkes Menighedssamfund i 1916 og indviet i 1917 – og som både før og siden har haft sin egen unikke historie og betydning for Christianshavn.