Christians Kirke blev opført i 1754 - 1759 efter tegninger af Nicolai Eigtved. Kirken hed oprindeligt Frederiks Tyske Kirke opkaldt efter Frederik V og tjente i mange år den tysktalende menighed i København, som ønskede sig deres egen kirke i den driftige bydel.
I forbindelse med statskuppet i januar 1772 omkring Christian den Syvende og Strueensee kom loven om indfødsretten, der sammen med den stigende utilfredshed med tysk påvirkning i Danmark i 1700-tallet gjorde det en hel del mere uhensigtsmæssigt at være tysktalende og sindet. Følgeligt faldt kirkens position i den kommende årtier til et lavpunkt i menighedens historie.
Fra 1832 til 39 holdt salmedigteren og præsten N. F. S. Grundtvig aftensang i Christians kirke. I de år formedes det kirkesyn hos Grundtvig, der fik så stor betydning for den nuværende Folkekirke.
I 1901 blev den taget i brug som almindelig dansk sognekirke og fik sit nuværende navn, opkaldt efter Christianshavns grundlægger Christian IV.
Fra 1920-er og frem til sin død i 1953 var kordegn Kofoed ansat i Christians kirke. Det er denne driftige mand, der lagde grunden til den skole, der stadig bærer hans navn. Kofoeds Skole begyndte i Christians kirkes menighedshus Stanleys Gaard i Store Søndervoldstræde med det motto, der stadig gælder mere end 80 år senere: hjælp til selvhjælp.
Vores menighed har gennem årene haft besøg af en lang række personligheder fra ind- og udland. Store Bededag år 2000 havde vi besøg af Hans Hellighed Dalai Lama, der talte ved en gudstjeneste ledet af Københavns biskop, Erik Norman Svendsen.